彩色马蹄莲转录组测序及其特性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 周琳

作者： 周琳;张永春;蔡友铭;杨柳燕

作者机构：

关键词： 彩色马蹄莲;基因注释;功能分类;密码子使用偏好性

期刊名称： 上海农业学报

ISSN： 1000-3924

年卷期： 2020 年 36 卷 03 期

页码： 1-8

摘要： 为开展彩色马蹄莲基因功能分析、表型差异研究、分子标记开发和遗传多样性研究,通过Illumina HiSeq 4000高通量测序平台对2个彩色马蹄莲育成品种‘金丝绒’和‘梦幻’进行转录组测序分析,经de novo组装后获得76 060条unigene,进一步利用4个公共数据库(Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG)对其进行注释,注释了30 321条unigene;并基于转录组数据开展SSR位点预测和密码子使用偏好性分析。结果表明:有10 083个unigene参与了132条KEGG代谢通路,其中代谢途径和次生代谢产物的生物合成途径是unigene最为富集的2个途径; 9 721条unigene序列中共含有13 206个SSR位点;预测到1 115个转录因子,分属于54个家族。此外,彩色马蹄莲密码子使用偏好性较弱,高频密码子为AGG、CAG和AAG。

分类号： S682.264

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