基于GBS测序的不同来源菊花种质遗传结构分析
文献类型: 中文期刊
第一作者: 付曼曼
作者: 付曼曼;叶琪明;吴超;董彬;方丽;李小白;丁晓瑜;陈炜;陈天烺;郭方其
作者机构:
关键词: 菊花;GBS;SNP;群体遗传结构;系统进化
期刊名称: 分子植物育种
ISSN: 1672-416X
年卷期: 2023 年 001 期
页码: 67-79
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 菊花(Chrysanthemum morflorium)是中国十大传统名花,也是世界四大切花之一,观赏和经济价值极高。本研究基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)检测,对菊花种质资源进行基因分型测序(genotyping-by-sequencing, GBS)来研究菊花的群体遗传结构和亲缘关系。以分别来自中国、日本和荷兰的136份菊花为材料,通过DNA提取、文库构建、测序、酶切后比对到参考基因组,然后进行SNP检测,对进化树、主成分和群体遗传结构进行分析。本研究共得到有效数据183.877 Gb,每个样本所得tag数均大于294 000;有效测序数据的reads数比对到参考基因组上的reads数的比对率在82.95%~94.61%之间,每个样本的平均测序深度在9.68~15.11之间。进化树构建结果发现136份菊花可被分为2个类群,不同来源的菊花主要聚集在不同的类群上,主成分分析和群体遗传结构结果与此结果一致。通过本研究可以明确不同来源的菊花品种的遗传背景和亲缘关系,对菊花优良种质的挖掘和育种效率的提高具有重要意义。
分类号: S682.11
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