基于SNP和InDel标记的余甘子群体遗传分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 普天磊

作者： 普天磊;金杰;何璐;瞿文林;廖承飞;袁建民;罗会英;赵琼玲

作者机构：

关键词： 余甘子;SNP;InDel;群体结构;遗传多样性

期刊名称： 果树学报

ISSN： 1009-9980

年卷期： 2023 年 40 卷 005 期

页码： 875-883

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]采用高通量测序技术解析余甘子种质资源的群体遗传结构和遗传多样性,为余甘子系统分类、遗传资源创新利用提供理论基础.[方法]利用ddRADseq技术对112份余甘子种质资源进行高通量简化基因组测序,利用Cutadapt和Trimmomatic软件对原始数据进行过滤,筛选得到高质量测序数据;使用MUNEAK软件进行多态性标记发掘,基于获得的SNP和InDel标记,进行群体结构分析、主成分分析、系统发育分析及遗传多样性分析.[结果]余甘子测序样品共获得8934个SNP和InDel标记,群体结构分析将余甘子种质分为2个类群,类群划分与种质来源地相关,该结果与主成分分析和系统发育分析相一致.余甘子各种质间遗传距离为0.027~0.459,平均遗传距离为0.248;云南地区的余甘子种质的期望杂合度、观测杂合度及多态性信息含量值最高,依次为0.267、0.184及0.218;余甘子群体间的Fst在0.080~0.266之间,群体遗传分化程度中等偏高.[结论]该测序技术可有效地解析余甘子种质的群体结构和遗传多样性,为余甘子种质资源的鉴定评价、系统分类及遗传多样性研究提供参考.

分类号： S667.5

  • 相关文献

[1]芝麻SNP和InDel标记遗传多样性、群体结构及连锁不平衡分析. 魏利斌,苗红梅,李春,段迎辉,徐芳芳,张海洋. 2017

[2]基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析. 孙倩,邹枚伶,张辰笈,江思容,Eder Jorge de Oliveira,张圣奎,夏志强,王文泉,李有志. 2021

[3]东北野生大豆核心种质单核苷酸多样性分析. 孟爽,赵洪锟,袁翠平,尹光,刘晓冬,王玉民,董英山,李建东. 2015

[4]基于SNP标记的辣木群体遗传分析. 普天磊,韩学琴,罗会英,邓红山,邹枚伶,金杰,夏志强,王文泉. 2023

[5]基于基因组SNP和ROH的剑白香猪群体遗传结构解析. 胡紫平,王立刚,宗文成,侯任达,苏艳芳,牛乃琪,王立贤,王源,张龙超. 2023

[6]水稻航天诱变突变体全基因组测序研究. 蒲志刚,王平,向跃武,蔡平钟,张志雄. 2014

[7]大刍草渐渗系雌穗表型统计及SNP分子标记开发. 曹立超,樊双虎,张春义,陈茹梅. 2014

[8]基于名优谷子品种晋谷21全基因组重测序的分子标记开发. 赵庆英,张瑞娟,王瑞良,高建华,韩渊怀,杨致荣,王兴春. 2018

[9]18个双孢蘑菇核心种质的重测序初步分析. 施肖堃,蔡志欣,郭仲杰,卢园萍,陈美元,廖剑华. 2019

[10]基于基因组测序揭示香稻Badh2基因的变异信息. 刘之熙,朱克永,闵军,刘三雄,陈彦成. 2019

[11]禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1全基因组变异分析. 丁峰,李浩然,王金英,彭宏祥,何新华,黄小雄,李平,钟敏芝,覃燕,张树伟. 2021

[12]基于转录组测序的椰心叶甲啮小蜂SSR、SNP和InDel位点分析. 刘华伟,李朝绪,李芬,吕朝军,吴少英,覃伟权. 2021

[13]基于SLAF-seq技术的山西省地方梨品种的SNP分析. 白牡丹,郝国伟,张晓伟,杨盛,郭黄萍. 2020

[14]基于SSR和InDel标记的海南荔枝种质资源遗传多样性分析. 李焕苓,田婉莹,孙进华,张新春,张蕾,王果,王树军,王家保. 2018

[15]基于SSR、InDel分子标记的红甜菜遗传多样性分析. 刘蕊,刘乃新,吴玉梅,吴则东,兴旺,王秋红. 2019

[16]水稻功能性插入缺失标记(InDel)的筛选与应用. 王钰,马卉,许学,秦瑞英,杨剑波,汪秀峰. 2019

[17]大白菜自交系背景选择InDel标记与重要农艺性状的关联分析. 赵玉靖,卢银,冯大领,罗蕾,吴芳,杨锐,陈悦琦,孙晓雪,王彦华,陈雪平,申书兴,罗双霞,赵建军. 2021

[18]基于核心InDel标记樱桃番茄种质资源的遗传多样性分析与应用. 张辉,李鑫,王志敏,胡俊玲,鲁晓晓,潘峰,潘春阳,苏文悦,徐毛毛,张敏,高浩冉,刘磊,黄泽军,王孝宣,杜永臣,李君明,朱文莹,国艳梅. 2023

[19]22份余甘子核心种质资源遗传多样性的SRAP分析. 郭林榕,周平,陈志峰. 2014

[20]余甘子种质资源遗传多样性研究进展. 赵琼玲,罗会英,张梦寅,瞿文林,马开华,雷虓,段曰汤,沙毓沧. 2017

作者其他论文 更多>>

微信小程序