川芎基因组survey测序及其特征分析
文献类型: 中文期刊
第一作者: 毛常清
作者: 毛常清;沙秀芬;黄静;陶珊;彭芳;李群;张超;袁灿
作者机构:
关键词: 川芎;流式细胞术;高通量测序技术;survery分析;基因组大小;基因组特征
期刊名称: 中草药
ISSN: 0253-2670
年卷期: 2023 年 003 期
页码: 907-914
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 目的 利用流式细胞术和高通量测序技术,对川芎Ligusticum chuanxiong基因组大小和特征进行分析,为川芎全基因组精细测序和分子机制研究奠定基础。方法 以已知基因组大小的绿豆和陆地棉作为内标植物,用流式细胞术估算川芎基因组大小。利用高通量测序技术对川芎基因组进行survey分析,测算出川芎基因组大小、重复序列、杂合率和GC含量等,利用生物信息学对基因组进行预测、注释和基因家族鉴定。结果 估算出川芎基因组大小约为3058.37Mb,重复序列为79.79%,杂合率约2.16%,GC含量为36.32%,川芎基因组呈现高重复、高杂合、基因组庞大等特征。共预测到34864个基因,有30 737个基因在功能数据库中被注释,有53个基因注释到阿魏酸合成过程中。初步鉴定到2058个特异基因家族,2001个单拷贝基因。结论 初步获得了川芎基因组大小、基因组特征、功能基因及基因家族等信息,为进一步川芎全基因组精细测序提供了参考,为阐明川芎阿魏酸等药效成分生物合成提供了基因资源。
分类号: S567.239
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