栽培种花生EST-SSR引物的开发及应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 肖洋

作者： 肖洋;廖伯寿;晏立英;黄家权;任小平;雷永;姜慧芳

作者机构：

关键词： 花生;EST-SSR;标记开发

期刊名称： 湖北农业科学

ISSN： 0439-8114

年卷期： 2010 年 49 卷 11 期

页码： 2625-2628

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 从高油抗青枯病花生新品系"06-4104"构建的5个cDNA文库获得了63207条EST,经序列拼接,获得14547条Uni-EST。经MISA检索,在这些Uni-EST中共检测出2643个SSR位点,分布于2250条EST中,发生频率为15.5%,平均每3.1kbEST序列含有一个SSR位点。其中,三核苷酸重复类型出现频率最高,占SSR总数的49.1%,其次是二核苷酸重复类型,占SSR总数的45.8%。在发现的46类重复基序中,AG/TC重复基序的频率最高,AAG/TTC次之。利用Primer3从含有SSR的2250条EST中共设计引物100对,利用这些引物检测花生栽培品种的多态性。结果表明,在所设计的100对引物中有91对在供试的6个花生栽培品种中得到有效扩增,其中13对得到了多态性的扩增产物,每对引物检测出的等位基因数2～3个,平均2.2个。

分类号： S565.2

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