盐胁迫下棉花LTR-反转座子的转录激活及在耐盐相关基因发掘中的应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 黄芳

作者： 黄芳;徐珍珍;孟珊;刘静;汪保华;沈新莲

作者机构：

关键词： 棉花;盐胁迫;LTR-反转座子;转录活性;邻近基因

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2017 年 06 期

页码： 1220-1226

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： LTR-反转座子是棉花基因组的主要组成部分,在基因组中通常呈现"静止"状态。但受到胁迫刺激时,部分反转座子的转录活性可被"激活",可能影响邻近基因的表达。本研究在盐胁迫下通过生物信息学手段,在旱地棉转录组数据库中检测到3 885个转录激活的候选LTR-反转座子;这些候选LTR-反转座子上下游5 kb内共有1 787个邻近基因,其中377个邻近基因在盐胁迫下差异表达,通过对377个基因进行功能注释发现,326个基因注释到GO数据库中,并且部分基因与棉花已报道过的耐盐抗旱基因同源。本研究结果将为棉花的耐盐分子机理解析提供一定的理论基础。

分类号： S562

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