盐碱胁迫下青稞全转录组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 扎桑

作者： 扎桑;王玉林;原红军;杨春葆;徐齐君

作者机构：

关键词： 青稞;盐碱胁迫;长链非编码RNA;转录组

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2021 年 007 期

页码： 1375-1385

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】长链非编码RNA（lncRNAs）在动植物的各种生物过程中起着重要作用。青稞是青藏高原的主要粮食作物,对其胁迫诱导基因的研究不仅有助于了解胁迫耐受的分子机制,而且有助于利用基因工程培育胁迫耐受性品种。【方法】本文对2个青稞品种（0119盐碱高抗,0226盐碱敏感）幼苗分别进行盐碱胁迫和对照处理2、8、24、48和72 h后,提取植株叶片RNA进行全转录组测序（设置3个生物学重复）,共获得60组RNA-seq数据。【结果】青稞基因组中含有大量的lncRNAs;总共鉴定出6704个lncRNAs,包括2741个基因间长链非编码RNA和1378个反义长链非编码转录本。比较盐碱处理组和对照组的基因表达水平,获得5个时间点的mRNAs和lncRNAs的差异表达基因集,但5个差异表达基因集合之间重叠较少,说明在盐碱胁迫的不同阶段,不同的mRNAs和lncRNAs参与了盐碱响应。研究发现,在24 h时0119和0226中差异表达基因的数目均降低,这可能与作物对刺激反应的两个阶段相关。根据基因的相对位置和表达相关性,预测了lncRNAs的顺式和反式靶基因;功能富集分析发现在0119品种中特异性差异表达的3118个（1303个上调和1815个下调）mRNAs和798个（346个上调和452个下调）lncRNAs可能与耐盐碱性有关,它们直接或间接参与"胁迫应答/刺激反应"、"离子运输"、"膜"和"植物激素信号转导"。为了验证利用RNA-Seq数据计算基因表达量的可靠性,挑选部分mRNA和lncRNA在8, 24和48 h盐碱胁迫的0119品种中进行RT-qPCR验证,结果表明RT-qPCR与RNA-seq的基因表达水平一致。【结论】本研究有助于进一步了解青稞盐碱耐受性的机制,提高青稞对盐碱胁迫的耐受性。

分类号： S512.3

  • 相关文献

[1]白粉病菌(Blumeria graminis)胁迫下西藏青稞lncRNA全谱解析. 魏玲玲,王玉林,原红军,旺姆,曾兴权. 2021

[2]黄喉拟水龟性别调控相关lncRNA和mRNA的筛选及初步分析. 朱彦雨,刘晓莉,王亚坤,李伟,洪孝友,朱新平,徐红艳. 2020

[3]microRNA调控膜系统及离子转运介导青稞盐碱胁迫的应答. 王玉林,原红军,扎桑,杨春葆,徐齐君. 2020

[4]NaHCO_3胁迫处理对青稞幼苗生长和生理特性的影响. 扎桑,韦泽秀,徐齐君,王玉林,原红军,曾兴权,尼玛扎西. 2017

[5]盐、碱胁迫下高丹草苗期生理特征及转录组学分析. 孔德真,段震宇,王刚,张鑫,席琳乔. 2023

[6]青稞响应燕麦镰孢菌侵染的转录组分析. 漆永红,李雪萍,曹素芳,李敏权. 2018

[7]基于转录组测序数据的青稞WRKY基因家族的生物信息学分析. 蒋礼玲,陈丽华,尼玛扎西,马晓岗,黄胜雄,李高原. 2021

[8]棉花茎端发育长链非编码RNA的鉴定及功能预测. 王芙蓉,乔清华,陈鹏云,袁哲诚,陈煜,樊守金,张军. 2016

[9]长链非编码RNA TERRA的研究进展. 范源,罗嘉,甘麦邻,谭娅,张顺华,朱砺. 2018

[10]畜禽长链非编码RNA的功能及其研究方法. 陆启荣,刘孟轲,李丽,程古月,郝海红,王旭,戴梦红,袁宗辉. 2016

[11]长链非编码RNAs及其功能研究. 朱晓攀,苗向阳. 2013

[12]H19基因的单核苷酸多态性与猪生长性状的相关分析及其时空表达. 孙浩,王子帅,徐银学,唐中林. 2016

[13]冷刺激小鼠脂肪组织差异表达长链非编码RNA的初步研究. 黄素娟,陶聪,甄二东,王亚君,魏刚,白立景,杨述林,王彦芳,李奎. 2015

[14]牛体外受精胚胎抗氧化相关的长链非编码RNA表达谱. 郭芹芹,李凤,孙尉峻,郝海生,刘岩,赵学明,庞云渭,朱化彬,杜卫华. 2017

[15]基于转录组测序的半滑舌鳎长链非编码RNA的初步鉴定与分析. 徐浩,徐锡文,周茜,陈松林. 2020

[16]主要农作物lncRNA鉴定与分析研究进展. 张爱晶,郭兴玉,何浩博,马博涵,李泽远,赵秋竹,刘明明,姚丹. 2020

[17]拟南芥AtR8 IncRNA对盐胁迫响应及其对种子萌发的调节作用. 张楠,刘自广,孙世臣,刘圣怡,林建辉,彭疑芳,张晓旭,杨贺,岑曦,吴娟. 2020

[18]长链非编码RNA——抗病毒天然免疫应答的新兴调控因子. 张华伟,孟星宇,李连峰,杨玉莹,仇华吉. 2018

[19]不同温度下TMV侵染枯斑三生烟的LncRNA差异表达. 贾海燕,宋丽云,徐翔,解屹,张超群,刘天波,赵存孝,申莉莉,王杰,李莹,王凤龙,杨金广. 2020

[20]长链非编码RNA调控机制及其在家禽生产中的研究进展. 伊宝,姬生跃,张宏福. 2019

作者其他论文 更多>>

微信小程序