玉米自交系X178、掖478授粉前后miRNA表达差异分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王琳琳

作者： 王琳琳;赵永平;张从省;杨海龙;王宏伟;谢传晓

作者机构：

关键词： 玉米;microRNA;深度测序;RNA seq;差异分析

期刊名称： 玉米科学

ISSN： 1005-0906

年卷期： 2018 年 05 期

页码： 30-36

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 基于HiSeq高通量测序技术并结合生物信息学方法对X178、掖478两种材料授粉前后两个时期穗已知miRNA及靶基因进行分析。结果发现,X178授粉前后差异表达miRNA有100个,分别属于21个miRNA家族;掖478授粉前后共筛选出98个有差异的miRNA,分别属于22个miRNA家族。利用miRNA与靶基因mRNA负调控关系初步确定授粉前后miRNA可能调控的mRNA靶点,建立miRNA-靶mRNA一一对应关系。结果表明,X178中上调表达的13个miRNA对应11个下调表达靶基因,下调表达的33个miRNA对应41个上调表达靶基因;掖478中上调表达的5个miRNA对应7个下调表达靶基因,下调表达的28个miRNA对应33个上调表达靶基因,其中,6个miRNA家族共靶向11种mRNA。研究结果表明,在授粉前后玉米穗中已知miRNA在不同玉米自交系中种类具有差异。

分类号： S513

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