基于转录组的洋葱bHLH转录因子家族鉴定与生物信息学分析
文献类型: 中文期刊
第一作者: 陈微
作者: 陈微;潘美红;惠林冲;李威亚;郇国磊;何林玉;缪美华;陈振泰;杨海峰
作者机构:
关键词: 洋葱;bHLH;转录因子;生物信息学分析
期刊名称: 江苏农业科学
ISSN: 1002-1302
年卷期: 2023 年 005 期
页码: 11-18
收录情况: 北大核心
摘要: bHLH转录因子家族是真核生物中重要的转录因子家族,在植物生长发育、次生代谢和逆境应答中发挥重要作用。本研究利用转录组数据对洋葱基因家族成员进行筛选和鉴定,并对家族成员进行理化性质、保守基序、亚细胞定位、系统发育和蛋白互作生物信息学分析,同时对bHLH基因家族在洋葱幼苗中的表达情况进行分析。结果表明,从洋葱转录组共鉴定到36个bHLH基因,预测编码蛋白质含有的氨基酸数量为127~610个,且均为亲水性蛋白,系统发育分析表明,洋葱bHLH基因家族分为12个亚族,同一亚族的大多数基因具有相似的保守基序,大多数bHLH基因在洋葱幼苗中表达,不同基因的表达量水平差异较大。本研究结果为进一步研究洋葱bHLH转录因子家族的生物学功能奠定了基础。
分类号: S633.2
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