文献类型： 中文期刊

作者： 李玉龙 ¹ ; 吕世杰 ² ; 翟亚莹 ¹ ; 张志杰 ² ; 朱肖亭 ² ; 张子敬 ² ; 陈付英 ² ; 施巧婷 ² ; 王二耀 ² ;

作者机构： 1.河南农业大学动物科技学院

2.河南省农业科学院畜牧兽医研究所河南省畜禽繁育与营养调控重点实验室

关键词： 郏县红牛;POLB基因;克隆;生物信息学分析

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2022 年 003 期

页码： 887-896

收录情况： 北大核心

摘要： 【目的】克隆郏县红牛DNA聚合酶β（DNA polymerase beta,POLB）基因，并对其进行生物信息学分析。【方法】以郏县红牛肌肉组织cDNA为模板，通过PCR方法克隆POLB基因完整CDS区序列；利用在线软件进行遗传距离分析并构建系统进化树，分析POLB蛋白的理化性质、疏水性、磷酸化位点、跨膜结构、信号肽、二级结构、三级结构和互作蛋白。【结果】郏县红牛POLB基因CDS区序列全长1 008bp，编码335个氨基酸。系统进化树分析表明，郏县红牛POLB基因氨基酸序列与绵羊等反刍动物的亲缘关系最近，与其他哺乳类动物和禽类次之，与斑马鱼（鱼类）最远。郏县红牛POLB蛋白分子质量为38.26ku，理论等电点（pI）为9.10，半衰期为30h，不稳定系数为31.06，总平均亲水系数为-0.659，属于稳定的亲水性蛋白；磷酸化位点预测分析发现，郏县红牛POLB蛋白包含17个丝氨酸磷酸化位点、12个苏氨酸磷酸化位点和4个酪氨酸磷酸化位点；跨膜区和信号肽预测结果显示，郏县红牛POLB蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白；二级结构和三级结构预测发现，其主要包含α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲4种结构；在线软件预测结果表明，POLB蛋白与XRCC1、FEN1、PARP1和LIG3等为互作蛋白。【结论】本研究成功克隆了郏县红牛POLB基因CDS序列，其与绵羊亲缘关系最近；POLB蛋白为无跨膜结构、无信号肽的亲水性蛋白，与XRCC1蛋白互作程度最高，结果可为进一步探究POLB基因生物学功能提供参考。