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基于转录组分析温度诱导黑斑原(Glyptosternummaculatum)选择性剪接的变化

文献类型: 中文期刊

作者: 王万良 1 ; 周建设 1 ; 扎西拉姆 1 ; 张驰 1 ; 陈美群 1 ;

作者机构: 1.西藏自治区农牧科学院水产科学研究所;河南农业大学动物科技学院

关键词: 转录组;黑斑原;温度诱导;选择性剪接

期刊名称: 水产学杂志

ISSN: 1005-3832

年卷期: 2022 年 06 期

页码: 1-9

收录情况: 北大核心

摘要: 将采自多雄藏布支流(N29°27'58.72",E 86°54'36.06")的90尾雌性黑斑原(Glyptosternum maculatum)分为3组,每组30尾:A组为对照组,水温为12℃;B组以2℃/h从12℃下降到4℃;C组以2℃/h上升,达到24℃时,黑斑原濒死时开始实验,利用转录组数据分析黑斑原在温度诱导后的选择性剪接的变化。结果表明:高温组(24℃)、对照组(12℃)和低温组(4℃)处理后,黑斑原肝脏中选择性剪接事件存在互斥外显子(MXE)和外显子跳跃(SE)两种类型;高温和低温处理后选择性剪接事件和基因均明显减少,高温组和低温组分别比对照组减少了16.39%、16.35%和5.17%、6.21%;与对照相比, 24℃和4℃分别有75和32个特有基因高表达。GO分析显示,在24℃时分别有190、88和318个基因富集到生物学过程、细胞定位和分子功能,而4℃分别有101、50和210个基因富集到这3个GO分类中。KEGG分析显示,83和9通路分别显著富集在24℃和4℃,其中通路内质网蛋白质加工和嘌呤代谢在高温组和低温组共有,2个通路中显著差异基因为xdh、papss2、impdh1、polr3h、dnajc1、derl2和dnajc10,其中dnajc1基因在高温组和低温组均差异显著。dnajc1基因属hsp40亚家族成员,生物信息学分析发现dnajc1基因在4℃和12℃中均为1个剪接体,高温处理后产生了2个剪接体,说明dnajc1基因在黑斑原遭遇温度诱导后肝脏通过产生选择性剪接体来保护细胞内的稳态。本研究首次研究了黑斑原应对温度反应的选择性剪接,为了解鱼类应对非生物应激的分子机制提供理论基础。

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